Paris, 1738. Jean-Baptiste Grenouille (Ben Whishaw) nasceu em um mercado de peixe, onde sua mãe (Birgit Minichmayr) trabalhava como vendedora. Ela o tinha abandonado, mas o choro de Jean-Baptiste faz com que seja descoberto pelos presentes na feira. Isto também faz com que sua mãe seja presa e condenada à morte. Entregue aos cuidados da Madame Gaillard (Sian Thomas), que explora crianças órfãs, Jean-Baptiste cresce e logo descobre que possui um dom incomum: ele é capaz de diferenciar os mais diversos odores à sua volta. Intrigado, Jean-Baptiste logo demonstra vontade de conhecer todos os odores existentes, conseguindo diferenciá-los mesmo que estejam longe do local em que está. Já adulto, ele torna-se aprendiz na perfumaria de Giuseppe Baldini (Dustin Hoffman), que passa por um período de pouca clientela. Logo Jean-Baptiste supera Baldini e, criando novos perfumes, revitaliza a perfumaria. Jean-Baptiste cada vez mais se interessa em manter o odor de forma permanente, o que faz com que busque meios que possibilitem que seu sonho se torne realidade. Só que, em suas experiências, ele passa a tentar capturar o odor dos próprios seres humanos. Então, Jean-Baptiste fica chateado porque não consegue preservar pra sempre o cheiro das mulheres (que ele mata pra cheirar). Aí ele descobre uma maneira de guardar o cheiro das mulheres, com isso ele vira um serial killer e sai matando mulheres bonitas (algumas nem tanto) pra pegar o cheiro. Ele acaba descobrindo o perfume perfeito com o cheiro de doze ou treze mulheres. Quando descobrem o culpado pelas mortes, ele acaba sendo preso, mas quando ele vai ser crucificado ele passa um pouquinho do perfume e todo o povo que estava revoltado pedindo uma morte dolorosa se ajoelha aos seus pés. Aí ele joga um pouquinho de perfume na multidão e todo mundo tira a roupa. Ele joga mais um pouquinho de perfume e todos começam a se agarrar. Ele foge e vai para para o centro de Paris, em uma área onde só tem pessoas pobres. Ao encontrar com um bando de mendigo em volta de uma fogueira, ele derrama o vidrinho de perfume na cabeça. Aí os mendigos fazem montinho nele. Aí ele some, como se o peso dos mendigos fazendo montinho tivesse esmigalhado ele.
