Alguns anos após a morte do destruidor, Splinter manda Leonardo para a América do Sul para uma missão de treinamento especial com o objetivo de se tornar um líder melhor. Sem orientação, Rafael acaba virando um justiceiro em NY, Donatello virá um técnico que presta suporte em informática e Michaelangelo acaba como animador de festa. Somos então apresentados ao vilão em potencial do filme, um cruel general que há 3.000 anos abriu um portal para outra dimensão que lhe deu vida eterna, mas que transformou seus companheiros em estátuas de pedra. Vivo a 3.000 anos, o agora milionário colecionador de arte decide procurar por seus companheiros (que ainda estão como estátuas) e colocar 13 monstros (que haviam sido libertados pelo portal) de volta no portal com o intuito de acabar com a imortalidade. Seus companheiors acabam o traindo por não quererem deixar de ser eternos e ao invés de capturar os 13 monstros, coletam Leonardo dizendo que ele é um dos monstros. Seus irmão vão em busca dele na casa do milionário e lutam contra as estátuas. Neste meio tempo, April e Casey Jones conseguem capturar o 13º mostro e fazem uma armadilha para ele levar junto os companheiros do guerreiro. Após o fechamento do portal, o milionário virá pó, morrendo e atingindo seu objetivo.
