A história começa com Peter Parker (Garfiled), um estudante aplicado e descolado na escola, vemos um homem aranha bem diferente, mais moldado aos tempos atuais e falando uma linguagem
bem adolescente. Seus pais sofreram um acidente de avião quando ele era criança o deixando para seus tios Ben (Sheen) e May (Field) cuidarem. Ele tem uma paixão secreta por Gwen Stacy (Stone), que juntos tem várias afinidades e uma amizade. Peter quer descobrir mais sobre seus pais e descobre uma maleta que era do seu pai, num compartimento secreto, encontra um esboço de um projeto do
seu pai e alguns objetos pessoais, desde então, Peter começa uma busca desenfreada sobre o que realmente aconteceu com eles, vai até a Oscorp e coincidentemente onde Gwen trabalha como estágiária e
entra com um disfarce nas instalações mas logo é descoberto por Gwen.
Como a curiosidade de Peter é grande, logo encontra uma máquina cheia de aranhas com uma espécie peculiar e logo é mordido por uma delas, no laboratório encontra Dr. Curt Connors (Ifans), antigo sócio de seu pai. O Dr. tem uma obsessão para ter o seu braço novamente e será cobaia da pesquisa do pai de Peter
de regeneração, mas algo dá errado na experiência com dna de lagarto e logo ele se transforma num lagarto enorme e violento com uma ideia fixa de espalhar a experiência por toda a cidade. Vemos Peter
se tornando um herói principalmente quando num ataque do Dr. Connors (Já como Lagarto) ele salva uma criança revelando sua identidade real pra deixá -lo mais calmo. Diferente das outras versões do
Homem-Aranha, sua amada sabe o tempo todo que ele é o super herói e assim vemos uma cena meio dramática (engraçada) quando tem a cena do jantar na casa de Gwen e seu pai que é policial
onde ficam discutindo que o Homem-Aranha é uma ameaça e então temos situação meio embaraçosa.
Tio Ben morre durante uma briga dos dois porque Peter tinha batido num rapaz na escola e o machucado, ele dá um grande sermão e Peter sai porta afora com raiva quebrando o vidro da porta
da casa de tanta raiva, ele acaba deixando o ladrão da loja de conveniência ir embora sem saber que mataria seu tio Ben, com sede de vingança procura por todos os becos e ruas o homem com as
características do ladrão pra acabar com ele, começando assim a ser o mocinho que faz a justiça com as próprias mãos.
Enquanto Dr. Connors planeja seu “triunfante experimento” aranha já começa a ficar famoso, e o pai de Gwen corre atrás dele pra prendê-lo.
No fim vemos todos ajudando Peter a chegar no prédio da Oscorp pra pegar o Lagarto (Dr. Connors) e ele acaba fazendo com que o antídoto caia por toda a cidade, Connors se arrepende e fica bom
de novo salvando Peter de cair do prédio.
O pai de Gwen a beira da morte faz Peter prometer que vai se afastar dela (ele também sabe sua identidade) e então vemos uma cena dos dois paquerando na escola com um gancho para o próximo filme.
