Alex, Glória, Marty e Melman são respectivamente um leão, uma hipopótama, uma zebra e uma girafa que vivem na mordomia do zoológico do Central Park em NY. Suas vidas monótonas são abaladas quando Marty deseja morar na selva, em seu habitat natural, e foge durante a noite sozinho. Seus amigos vão atrás dele e se encontram no metrô. Mas são pegos pela polícia e no dia seguinte acordam em caixas que estão sendo transferidas por um navio. Quatro pinguins, que também querem fugir, sequestram esse navio, e o conduzem de tal modo ruim que as quatro caixas acabam caindo no mar. Os animais acordam em Madagascar, numa parte da ilha habitada por lêmures (uma mistura de macaco com esquilo) que vivem sob o domínio dos “foosas” (parecem leões). Para os lêmures, a chegada dos animais urbanos parece um escudo perfeito contra os ataques dos foosas, e eles passam a viver em comunidade. Mas Alex, o leão, começa a mostrar seus instintos carnívoros com a falta de comida e passa a ser uma ameaça ao bando (trilha sonora do National Geographic). Mas logo os pinguins chegam na ilha à bordo do navio para a alegria dos “urbanóides” que não estão mais gostando da selva. Eles comemoram, antes de saberem sobre a gasolina do navio.
