Ray Ferrier (Tom Cruise) é um homem divorciado que trabalha nas docas. Ele não se sente a vontade no papel de pai, mas precisa cuidar de seus filhos, Robbie (Justin Chatwin) e Rachel (Dakota Fanning), quando eles lhe fazem uma de suas raras visitas. Pouco após eles chegarem Ray presencia um evento que mudará para sempre sua vida: o surgimento de uma gigantesca máquina de guerra, que emerge do chão e incinera tudo o que encontra. Trata-se do primeiro golpe de um devastador ataque alienígenaaTerra, que faz com que Ray pegue seus filhos e tente protegê-los, levando-os o mais longe possível das armas extra-terrestres. Durante a jornada para leva-los junto da mãe, que se encontra em Boston, vemos muita destruição e tentativas desesperadas de atingir os ETs. Todas em vão. Após diversas situações desesperadoras, o filho de Ray decide acompanhar o exercito na luta contra os ETs e deixa o pai com a filha mais nova. Assim como no livro, os ETs são derrotados por vírus presentes na Terra e que os matam após alguns dias. Ray tenta reencontrar a sua ex-mulher na casa da ex-sogra. Quando ele chega, o único quarteirão inteiro dos EUA coincidentemente é o da ex sogra, e eles são os únicos que aparentemente sequer viram ETs e toda a destruição forma os moradores daquele bairro. E o mais incrível é que o filho também já estava na casa esperando pelo pai.
