O ano é 1964 e o cenário é a escola St. Nicholas, no Bronx. O vibrante e carismático padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), vem tentando acabar com os rígidos costumes da escola, que há muito são guardados e seguidos ferozmente pela irmã Aloysius Beauvier (Meryl Streep), a diretora com mãos de aço que acredita no poder do medo e da disciplina. Os ventos das mudanças políticas sopram pela comunidade e, de fato, a escola acaba de aceitar seu primeiro aluno negro, Donald Miller. Mas quando a irmã James (Amy Adams), uma freira inocente e esperançosa conta à irmã Aloysius sobre sua suspeita, induzida pela culpa, de que o padre Flynn está dando atenção exagerada a Donald, a irmã Aloysius se vê motivada a empreender uma cruzada para descobrir a verdade e banir o padre da escola. Agora, sem nenhuma prova ou evidência, exceto sua certeza moral, a irmã Aloysius trava uma batalha de determinação com o padre Flynn, uma batalha que ameaça dividir a Igreja e a escola com consequências devastadoras. Flynn vai para outra igreja e escola. Algum tempo mais tarde, a irmã James retorna da visita que fez ao seu irmão doente. Ela conversou com a irmã Aloysius e mencionou que o Padre Flynn havia deixado a igreja e escola e ainda recebeu uma promoção. A Irmã James no entando acredita que o Padre não fez nada de errado. Irmã Aloysius acredita que o mesmo é culpado e nenhuma evidência é necessária. Então quando a irmã James pergunta do porquê do Padre Flynn ter deixado as instalações, a irmã Aloysius revela que ela mentiu sobre ter ligado para outra igreja perguntando sobre o passado dele. Não é indicado se Flynn é culpado. Aloysius então chora e expressa seu arrependimento por ter mentido para o padre Flynn.
