Jason Bourne (Matt Damon) é um homem que vive sem país e sem passado após ter sido submetido a um treinamento brutal, ao qual não se lembra, por pessoas que não conhece. Ele é uma sofisticada arma humana, perseguida incessantemente pela CIA. Após sua última aparição ele decidiu sumir para sempre e esquecer a vida que lhe foi roubada. Entretanto uma matéria em um jornal de Londres, que especula sobre sua existência, faz com que ele torne-se mais uma vez um alvo. O programa Treadstone, que criou Bourne, já não existe mais, mas serviu de base para o programa Blackbriar, desenvolvido pelo Departamento de Defesa dos Estados Unidos. O Blackbriar desenvolve uma geração de novos matadores treinados secretamente pelo governo, que acredita que Bourne é uma ameaça de US$ 30 milhões que deve ser eliminada de uma vez por todas. Já Bourne vê neles uma oportunidade de descobrir quem realmente é e o que fizeram com ele. Tentando descobrir a fonte do jornalista, Bourne marca um encontro com ele, mas durante a tentativa de obter informações, o jornalista morre. A única dica dada pelo Jornalista é uma empresa (um pequeno banco de investimentos) em Madri. á lá que se encontra a fonte. A CIA também descobre a fonte e se programa para matá-la (uma parte dela. A outra parte quer conversar com Bourne para realmente mostrar o que ele quer e assim recuperar sua confiança), junto com Bourne. Eles escapam e Bourne encontra a mesma loura dos filmes anteriores. Ela deixa a entender que tinha um caso com Bourne e o ajuda a ir atrás da fonte. Eles vão para Marrocos, onde os outros matadores o procuram também . Eles matam a fonte e quase matam Bourne. Ele vai ao encontro do corpo da fonte e encontra um endereço nos EUA que pode ser o endereço da Agência pelo qual ele trabalhou. Ele arruma uma maneira de avisar aos que querem lhe ajudar que está indos para os EUA. Lá chegando ele entra em contto com a sua fonte (que é uma mulher) e marca com ela para ir a um lugar especifico encontrá-la. Neste momento, ele invade o escritório e rouba toda a documentação do projeto. Ele marca com a fonte em um lugar especifico e entrega a documentação. O lugar marcado é o antigo centro de treinamento dos futuros matadores. Ele lembra do seu passado e no fim, escapa pulando no rio que fica ao lado do prédio. Graças a loura, todos os diretores da CIA envolvidos no projeto foram demitidos e no fim estão sendo julgados pelos senadores dos EUA.
