Shrek (Mike Myers) está entediado. Sua antiga vida de aventuras foi substituída pela de pacato pai de família. Casado com Fiona (Cameron Diaz) e pai de três filhos, Shrek sente falta da adrenalina e da liberdade que tinha no passado. Para recuperá-los, ele firma um pacto com Rumpelstiltiskin (Walt Dohrm) onde ele trocava um dia de sua vida por um dia de Ogro. Imediatamente Shrek é levado a uma versão alternativa do Reino de Tão, Tão Distante. Após algum tempo descobre que a este local não é exatamente como ele imaginava e após um breve reencontro com Rumpelstiltiskin, vê que o dia que Rumpelstiltiskin escolhei como troca foi o dia de su nascimento. Logo, como ele não existia, Fiona é uma temível ogro (pois não havia sido salva por Shrek) e ele não é mais reconhecido pelo Burro (Eddie Murphy) e o Gato de Botas (Antonio Bandera).
Burro ajuda ele em relação ao contrato, pois existe maneiras de se cancelá-lo. Ao descobrir que para o contrato ser cancelado ele precisa dar um beijo em seu verdadeiro amor, tenta de diversas maneiras beijar Fiona. Depois de várias tentativas ele acaba conseguindo mas sem sucesso, porque ela ainda não a ama. Neste meio tempo, Rumpelstiltiskin arma uma armadilha e captura a maioria dos Ogros. Shrek, visando salvá-los, resolve se entregar.
Os Ogros se rebelam, tomam o castelo de Rumpelstiltiskin e um pouco antes de morrer, Fiona se apaixona por ele e tudo volta ao normal, visto que o contrato foi cancelado.
