Após alguns anos de um misterioso desaparecimento, Superman (Brandon Routh) retorna ao planeta Terra. Porém a situação em Metrópolis está bastante mudada desde que o Homem de Aço deixou o planeta, pois a cidade se acostumou a viver sem ele. Além disto Lois Lane (Kate Bosworth), sua grande paixão, seguiu sua vida após o sumiço do herói (casou e teve um filho). Ao mesmo tempo em que precisa se adaptar a nova realidade, Superman precisa enfrentar o antigo inimigo Luthor (Kevin Spacey), que planeja um meio de acabar com ele de uma vez por todas, que decide usar os cristais da fortaleza da solidão para criar terra e ficar rico (ele descobre que os cristais crescem e se jogados na água, criando verdadeiros continentes). E ele assim o faz, aproveitando e colocando criptonita envolvendo um deles para que o novo continente criado adquirisse as propriedades da Kriptonita.
No fim, Superman consegue levantar a ilha e salvar a terra, mas acaba ficando em coma. Lex acaba preso em uma ilhota com sua parceira de crime e sem ter para onde ir. Superman retorna a vida quando Louis vai ao quarto do hotel onde ele se encontra e diz que ele é o pai do seu filho. O filme acaba com uma pequena conversa entre Superman e seu filho.
