No futuro existe uma entidade utópica baseada na vida do século XX, que procura recriá-la nos mínimos detalhes. Lincoln Six Echo (Ewan McGregor) vive nesta realidade e, como todos seus residentes, sonha em chegar em um local chamado “a ilha”, o único ponto não contaminado do planeta. Após descobrir que todos os habitantes são clones, que possuem a única finalidade de fornecer partes de seu corpo para seres humanos reais, Lincoln decide escapar juntamente com Jordan Two Delta (Scarlett Johansson). Durante a fuga, ele tem a idéia de procurar a pessoa responsável pela sua criação para tentar sua ajuda. Depois de muitas perseguições, ele acham a pessoa responsável mas ela acaba o delatando. Ocorre que durante a perseguição, o grupo que tentava matar os clones (contratado pelo dono da empresa) mata o original e não o clone. Este resolve agir por conta própria, indo de volta a empresa e libertando os outros clones.
No fim, Lincoln e Jordan acabam juntos.
