Neo tem a função de encontrar um Chaveiro para que ele consiga entrar na fonte da Matrix. Ao conseguir passar por uma porta que da acesso a fonte da Matrix, Neo encontra um cara que é o arquiteto da Matrix. Após uma conversa sobre sua origem e função, Neo tem que escolher entre entrar na fonte ou salvar Trinity. Aparentemente ele não entra na Fonte para salvar Trinity.
O fim de Matrix é para deixar todo mundo bem bolado, pois o sonho do inicio do filme realmente acontece, mas Neo salva Trinity de uma maneira bem interessante.
Ao voltar a nave, Nabucodonossor é atacada por sentinelas e é destruída. Durante a fuga dos tripulantes, Neo sente as sentinelas e consegue paraliza-las como as balas na Matrix Real.
